KKP mempunyai tugas melaksanakan :
Ø Pencegahan masuk & keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah,
Ø Pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali,
Ø Survailans epidemiologi,
Ø Kekarantinaan,pengawasan OMKABA,
Ø Pelayanan kesehatan,
Ø Pengendalian dampak kesehatan lingkungan,
Ø Bioterorism, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara
Menyelenggarakan Fungsi :
1. Pelaksanaan kekarantinaan
2. Pelaksanan pelayanan kesehatan
3. Pelaksanaan pengendalian resiko lingkungan di bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara
4. Pelaksanaan pengamatan penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru, dan penyakit yang muncul kembali,
5. Pelaksanaan pengamanan radiasi pengion dan non pengion, biologi dan kimia
6. Pelaksanaan sentra/simpul jejaring SE sesuai penyakit yang berkaitan dengan lalu lintas nasional, regional dan internasional
7. Pelaksanaan, fasilitas dan advokasi kesiapsiagaan dan penanggulangan KLB dan bencana bidang kesehatan, serta kesehatan matra termasuk penyelenggaraan kesehatan haji dan perpindahan penduduk
8. Pelaksanaan fasilitas dan advokasi kesehatan kerja di lingkungan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara
9. Pelaksanaan pemberian sertifikat kesehatan OMKABA eksport dan mengawasi persyaratan dokumen kesehatan OMKABA import
10. Pelaksanaan pengawasan kesehatan alat angkut dan muatannya
11. Pelaksanaan pemberian pelayanan kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara
12. Pelaksanaan jejaring informasi dan teknologi bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara
13. Pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara
14. Pelaksanaan kajian kekarantianaan, pengendalian resiko lingkungan dan survailans kesehatan pelabuhan
15. Pelaksanaan pelatihan teknis bidang kesehatan bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara
16. Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan KKP
